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什么是全外显子组测序与全基因组测序?

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发表于 2021-12-3 18:29:09 | 显示全部楼层 |阅读模式

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  即通过特定的方法确定某个体的DNA遗传密码组件(核苷酸)的顺序。如今,DNA测序技术不仅推进了遗传学研究,也被用于各种遗传疾病的检查。特别是利用全外显子组测序(whole exomesequencing,WES)与全基因组测序(wholegenome sequencing,WGS)两种方法发现基因变异,被越来越多的应用于科学研究与临床诊断。[url=http:///www.illumina.com.cn/informatics/sequencing-data-analysis/dna.html]测序数据分析[/url]这两种方法都基于一种能够快速且大量对进行DNA测序的新技术,被称作二代测序技术(next-generationsequencing,NGS,或称“下一代测序”技术)。

  “Sanger法”

  是科学家们最早应用的测序技术(以纪念它的发明者,英国生物化学家Frederick Sanger)。这是一项具有突破意义的发明,自此,科学家们可以读出DNA携带的遗传密码,但Sanger法耗时而且昂贵。目前Sanger法仍被应用于科研与临床研究,并且已经可以由专门的仪器更快速地完成。然而这种方法只能用于短小DNA片段的测序,如果想测出人类DNA的全长序列(即人基因组),Sanger法可能要花费数年的时间。而二代测序技术使得完整的人基因组的测序可以在数周甚至数天内完成,同时花费更少。

  什么是全外显子组测序与全基因组测序?

  利用二代测序技术,对大量DNA片段进行测序就完全可行了。例如,一部分DNA片段含有蛋白质合成的密码“指令”,这部分片段被称作“外显子”(exon)。目前认为,外显子只占到人类基因组的大约1%,基因组中所有的外显子被统称为“外显子组”(exome),对这部分序列的测序就被称为“全外显子组测序”。这种方法能够检测出所有基因的蛋白质编码区域的变异,而不仅仅是被选择的有限的若干基因。由于已知的大多数导致疾病的突变均发生在外显子中,全外显子组测序从而被认为是一种高效的识别可能致病的突变的方法。

  但是,近年来研究人员发现,外显子区域以外的DNA序列也可以影响基因活性,继而影响蛋白质的表达,导致疾病发生。然而,这些突变若利用全外显子组测序并不能检测到。因此,另一种称为“全基因组测序”的方法出现了,这种方法可以读取到个体所有DNA核苷酸的序列,即可以检测出基因组任何部分的变异。

  相比于选择性的基因测序,全外显子组测序与全基因组测序能够发现更多的基因变异,但显然会有相当一部分的变异的意义是不明确的。并不是所有的基因变异都会影响健康,因此很难断定某些检测出的变异是否与患者的疾病、表型等相关。有时,一种被识别出的基因变异还可能与另一种尚未被诊断的遗传疾病有关(被称为“偶然”或“继发发现”,incidentalor secondary findings)。

  除了在临床上应用外,全外显子组测序和全基因组测序对于研究人员来说也是非常有价值的,研究人员对外显子组和基因组序列的持续关注可以帮助他们确定新的基因变异是否与人的健康状况有关,这将有助于未来的疾病诊断。
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